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Depois de finalmente destruir Majin Boo, Goku retornou para a sua vida normal e a Terra pode novamente experimentar a paz. Mas a missão dele está longe de ter acabado: agora o Kakaroto precisará defender o planeta de destrutivas e altamente perigosas, inclusive de universos paralelos.

Algum tempo se passou desde a batalha na Colônia Espacial Ark, nesse meio tempo Eggman desapareceu sem deixar nenhum único rastro, agora com suas forças voltando a agir, as equipes dos guerreiros mais poderosos se confrontar nessa corrida contra o tempo pelas Esmeraldas do Caos

Megatron pretende acabar com a guerra que vem se devastando Cybertron por milhões de anos, usando um poder desconhecido como Dark Energon, porém, os rebeldes Autobots não deixaram isso acontecer tão facilmente